Ωστόσο, όλες οι άλλες παραδόσεις αναφέρονται στον Ναύπλιο τον Νεώτερο (στο εξής απλώς «Ναύπλιο»). Κατ' αρχή αυτός έλαβε μέρος στην Αργοναυτική Εκστρατεία. Γιος ο ίδιος του Κλυτονήου και εγγονός του Ναυβόλου, πήρε ως σύζυγό του τη Φιλύρα ή την Ησιόνη ή την Κλυμένη και απέκτησαν τρεις γιους: τον Παλαμήδη, τον Οίακα και τον Ναυσιμέδοντα. Ο Ναύπλιος ήταν πρώτιστα θαλασσοπόρος ήρωας και τον εκτιμούσαν πολύ για τις γνώσεις του. Σύμφωνα με τις κυριότερες παραδόσεις, ο Αλεός παρέδωσε στον Ναύπλιο την κόρη του Αύγη για να την πνίξει στη θάλασσα, επειδή αυτή είχε γεννήσει νόθο γιο, τον Τήλεφο, από τον Ηρακλή. Ο Ναύπλιος όμως λυπήθηκε την Αύγη και το νεογέννητο παιδί της και τους παρέδωσε σε κάποιους εμπόρους που έφευγαν προς τη Μυσία. Την ίδια θλιβερή εντολή είχε λάβει και από τον μέλλοντα πεθερό του, τον Κατρέα, ο οποίος του παρέδωσε τις κόρες του Αερόπη και Κλυμένη. Ο Ναύπλιος διέσωσε και αυτές, παντρεύοντας την Αερόπη με τον Ατρέα και, κατά μία εκδοχή, παίρνοντας την Κλύμενη για δική του σύζυγο.
Μετά τον λιθοβολισμό του γιου του Παλαμήδη (βλ.λ.), ο Ναύπλιος ορκίσθηκε να εκδικηθεί τους αρχηγούς της Τρωικής Εκστρατείας: Διέφθειρε τις συζύγους των Ελλήνων ηρώων όταν αυτοί έλειπαν στην Τροία, παρεμβάλλοντας εραστές στη ζωή τους. Οι εραστές αυτοί έφθασαν και να σκοτώσουν τους νόμιμους συζύγους όταν αυτοί επέστρεψαν. Με αυτό τον τρόπο ο Ναύπλιος υπενόμευσε τον Αγαμέμνονα, τον Ιδομενέα και τον Διομήδη. Επίσης, όταν ο στόλος των νικητών του Τρωικού Πολέμου πλησίαζε στην επιστροφή του το ακρωτήριο Καφηρέας, ο Ναύπλιος άναψε φωτιές σε απόκρημνες ακτές, προσελκύοντας έτσι τα πλοία στα φοβερά εκείνα βραχώδη σημεία και προκαλώντας ναυάγια. Για τον λόγο αυτό τον θεωρούσαν κατά την αρχαιότητα «δεινό πειρατή», ακόμα και δαιμονικό θαλάσσιο τέρας.
Σύμφωνα με κάποιες παραδόσεις, ο Ναύπλιος δολοφονήθηκε ή αυτοκτόνησε όταν η μητέρα του Οδυσσέα Αντίκλεια του ανήγγειλε ψευδώς τον θάνατο του ενός από τους γιους του. Τους μύθους του Ναυπλίου χρησιμοποίησε ο Αισχύλος για την τραγωδία του «Παλαμήδης». Με τον ίδιο τίτλο αναφέρονται και τραγωδίες των Σοφοκλή και Ευριπίδη. Στην εποχή του Λουκιανού συνήθιζαν να αναπαριστούν την οργή του Ναυπλίου με τη μιμική τέχνη.
- Ο αστεροειδής 9712 Ναύπλιος (9712 Nauplius), που ανακαλύφθηκε το 1973 και ανήκει στην Τρωική Ομάδα, πήρε το όνομά του από τον Ναύπλιο τον «Νεώτερον».
